農村飲水安全工程新建項目投資經營所得企業所得稅享受“三免三減半”，即從事《公共基礎設施項目企業所得稅優惠目錄》規定的農村飲水安全工程新建項目投資經營的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免征企業所得稅，第四年至第六年減半征收企業所得稅。

自2019年1月1日至2020年12月31日，農村飲水安全工程運營管理單位向農村居民提供生活用水取得的自來水銷售收入，免征增值稅。對于既向城鎮居民供水，又向農村居民供水的農村飲水安全工程運營管理單位，依據向農村居民供水收入占總供水收入的比例免征增值稅。

自2019年1月1日至2020年12月31日，農村飲水安全工程運營管理單位自用的生產、辦公用房產，免征房產稅和城鎮土地使用稅。對于既向城鎮居民供水，又向農村居民供水的農村飲水安全工程運營管理單位，依據向農村居民供水量占總供水量的比例免征房產稅和城鎮土地使用稅。

自2019年1月1日至2020年12月31日，農村飲水安全工程運營管理單位為建設飲水工程而承受土地使用權，免征契稅。對于既向城鎮居民供水，又向農村居民供水的農村飲水安全工程運營管理單位，依據向農村居民供水量占總供水量的比例免征契稅。

自2019年1月1日至2020年12月31日，農村飲水安全工程運營管理單位為建設飲水工程取得土地使用權而簽訂的產權轉移書據，以及與施工單位簽訂的建設工程承包合同，免征印花稅。對于既向城鎮居民供水，又向農村居民供水的農村飲水安全工程運營管理單位，依據向農村居民供水量占總供水量的比例免征印花稅。